Il museo nacque a seguito delle numerose donazioni successive alla morte del vescovo Giovanni Battista Scalabrini, fondatore dei padri scalabriniani, avvenuta nel 1905.
Il museo consta di un centinaio di opere databili tra il XVI ed il XX secolo, tra cui dipinti Giovani Battista Trossi, noto col nome di Molosso, e del ferrarese Benvenuto Tisi, detto il Garofalo. Buona anche la presenza di pittori moderni con opere di Vittorio Maria Corcos, Luigi Morgari, e Giuseppe Sidoli.
Oltre alla collezione d’arte, il museo ospita paramenti, oggetti sacri e pergamene.
Dal 2019 all’interno del museo è ospitata una mostra fotografica che racconta la storia dell’emigrazione, in correlazione con l’intensa attività missionaria dei padri scalabriniani.